El diseño y administración del EUNACOM está regulado por la Ley 20.261, que entró en vigencia el 20 de abril de 2009. Su diseño y administración fueron encargados por el Ministerio de Salud a ASOFAMECH mediante Resolución Exenta del 20 de agosto de 2009
El Consejo de Decanos de ASOFAMECh delega la administración del examen en el Director del EUNACOM, quien responde directamente al Presidente de ASOFAMECH. De acuerdo con el presidente, ciertas decisiones especialmente relevantes son presentadas por el Director al Consejo de Decanos para su votación y toma de conocimiento.
Desde 2024 se constituirá un Directorio EUNACOM que deberá sancionar, antes de su presentación al Consejo de Decanos, cambios que se consideren relevantes.
El Director cuenta con la asesoría de un Consejo Estadístico, compuesto por psicometristas altamente calificados, para el análisis, control de calidad y decisiones respecto al examen.
La Unidad de Análisis del EUNACOM está encargada de los procedimientos psicométricos que sustentan el examen y de la corrección del mismo, así como de la realización de estudios. Además se encarga de calcular para ASOFAMECH la Calificación Médica Nacional.
Las preguntas del examen son creadas por los miembros del Registro de Especialistas del EUNACOM, un grupo de 82 especialistas destacados, preguntas que son revisadas por un Comité Técnico y luego por un Comité de Contenidos, antes de ser incluidas en un examen. La coordinación de los Comités Técnico y de Contenidos está a cargo de la Coordinadora Académica.
Los aspectos administrativos del examen están a cargo del Sub Director, que coordina un staff permanente de 10 personas, además de los servicios de apoyo externo.